Windows
Windows 用在服务器上的时候就是 Windows Server了，也就是服务器专用版的 Windows ，其特点就是沿袭了 Windows 的图形化界面，使服务器上的配置和部署达到“可见即所得”，有效的降低了服务器端的技术门槛，这也是至今还深受欢迎的一个主要原因。因为是 Windows 家族的，所以相应的服务器模块也都是 Windows 系统下的，比如：.net技术、SQL Server（网络数据库）、IIS（Web服务器）等等这些可以说都是微软打包的，这样自然就有微软的“基因”在里面了，那就是“非开源”、不菲的授权使用费用等等后期的支出压力。ASP、SQL Sever这方面的弊端其实也是不少的，归根结底就是前期几乎免费的部署成本到后期不菲的升级改造费用，结果往往还是很痛苦的。因为不开源，你要用更安全的方案的时候除了正版的收费授权几乎没有其他的选择，我想这就是极具微软特色的“绑定”了。这时也有人说 Windows Server 也是可以使用PHP+MySQL的呀，是的，理论上是可以的，但其维护成本也不是谁都可以承受的，这里还不提起性能表现了，这就是个“性价比”的问题了。
有黑客爆料微软自己的服务器竟然使用的是 Unix ，当是也算是业界的一个“冷笑话”了。目前 Windows 10 内集成 Linux Bash 本身也是很能说明问题的，当然微软自己说是了为了提高开发者的工作效率，但是“微软爱Linux”已经是业界的共识了好像。微软的手机操作系统 Windows Mobile 发展到今天被 Android 逆袭也可以算是微软“自尝恶果”的最好诠释了（Android以及苹果的iOS甚至iMac。一个是Linux演化而来，一个是Unix的变种）。

所以综上所述，不考虑性能表现的情况下，且技术水平差的情况下，而且主要依赖windows一些东西，可以考虑用 Windows Server，比如我看有些OA，有些邮件服务器，有些简单的批销系统，管理系统等，用WINDOWS。

Linux

Linux是类UNIX操作，可以其实算是Unix的一个分支，虽然Linux的内核都是独立编写的，但其原理思路还是脱胎于Unix的。Unix跟Linux最大的区别就是“开源”程度不一样，Linux几乎是“全开源”的，这也是为什么在后来可以迅速风靡世界的主要原因之一。“开源”很多人都会提到“安全性”隐患，这也是当年很多人质疑“开源”可行性的主要点，但事实证明这个质疑是“多虑”了，在全球千千万万的程序员们多年的努力下，最终还是创造出了Linux这个传奇。
以我工作的看到的， 目前无论在企业应用，还是互联网应用 ，80%以上的都是Linux

UNIX

厂商支持的systemV 系统和BSD系统，具体有：SYSTEM V 系统：SCO UNIX，HP UNIX，SUN UNIX (SOLARIS )，IBM UNIX (AIX)
BSD系统：FreeBSD，OpenBSD，NetBSD，APPle UNIX(MAC OS bsd内核）。前面我们讲的LINUX,WINDOWS，主要是装在PC SERVER上，也就是我们常说的X86服务器，一般来说，UNIX都是和硬件绑定的，就是我们经常说的小型机，中型机，大型机，这种机器非常贵，少则十几万，多则上千万，但系统非常稳定，容错非常强，但技术也很封闭，一般需要厂家维护。所以小型机，中型机，大型机，一般用在非常关键的系统，如银行、保险、运营商的核心系统。
现在去IEO，其中的I，主要是以为IBM为首的国外UNIX服务器，用LINUX或WINDOWS的的X86服务器来代替。10年左右，我工作还见到很多UNIX服务器，现在很多退役后，改为用PC SERVER，只有看保险里的，用来做数据库服务器及财务服务器（银行估计也是这种情况）

在服务器端选择操作系统一定要遵循“随大流”的原则，用的人多了自然更新也就频繁了，在“开源”这面大旗下本身就带动了很多开发者的参与积极性，这样结果就是发展越来越快，技术的更迭也更加的频繁，各种需求也可以更快的得到满足。